保稅區(qū)儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據(jù)均需要由海關簽署。保稅區(qū)儲一般在進出境口岸附近進行。

保稅區(qū)每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統(tǒng)核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續(xù)

保稅區(qū)庫應當按照海關批準的存放貨物范圍和商品種類開展保稅區(qū)儲業(yè)務。
1．保稅區(qū)儲貨物進倉
（1）經(jīng)海關批準，下列貨物可以存入保稅區(qū)庫：
a．加工貿易進口貨物；
b．轉口貨物；
c．供應國際航行船舶和的油料、物料和維修用零部件；
d．供維修外國產(chǎn)品所進口寄售的零配件；
e．外商暫存貨物；
f．未辦結海關手續(xù)的一般貿易貨物；
g．經(jīng)海關批準的其他未辦結海關手續(xù)的貨物。
（2）有下列情況的貨物不得存入保稅區(qū)庫：
a．海關規(guī)定不得存入保稅區(qū)庫的貨物，如汽車、辦公用品、家用電器等；
b．按規(guī)定須提供許可而企業(yè)不能提供的貨物，如易化學品、軍民用化學品、廢舊物資等；
c．申報進倉貨物超經(jīng)營范圍的；
d．申報進倉貨物超倉儲能力的；
e．申報進口備料倉庫的保稅貨物超企業(yè)年加工生產(chǎn)能力。

關下放部分操作程序，由第三方物流企業(yè)自主管理，海關可以隨時查看保稅區(qū)的庫存情況，對保稅區(qū)實行。
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